وفي السنة الخامسة للدعوة نصح الرسول المسلمين بترك مكة والهجرة إلى الحبشة لأن فيها "ملك لا يُظلم عنده أحد وعادل في حكمه كريماً في خلقه"، وهناك يستطيعون العيش في سلام آمنين على أنفسهم وعلى دينهم، وكان عددهم في ذلك الوقت ثمانين رجلاً غير الأطفال والنساء، ويقال أن الهجرة قد تمت بين 610 ـ 629 م. عندما علمت قريش بذلك انزعجت، فأرسلت إلى النجاشي عمرو بن العاص، وهو "داهية العرب"، وعبد الله بن أبي ربيعة بالهدايا حتى يسلمهما المسلمين، فرفض النجاشي ذلك إلا بعد أن يسمع الطرف الآخر. فدعاهم النجاشي، فلما حضروا، صاح جعفر بن أبي طالب بالباب "يستأذن عليك حزب الله"، فقال النجاشي: مروا هذا الصائح فليعد كلامه. ففعل. قال نعم. فليدخلوا بإذن الله وذمته. فدخلوا ولم يسجدوا له. فقال ما منعكم أن تسجدوا لي؟ قالوا: إنما نسجد لله الذي خلقك وملكك، وإنما كانت تلك التحية لنا ونحن نعبد الأوثان. فبعث الله فينا نبيا صادقا. وأمرنا بالتحية التي رضيها الله. وهي "السلام" تحية أهل الجنة. كتب هجرة المسلمين إلى الحبشة - مكتبة نور. فعرف النجاشي أن ذلك حق. وأنه في التوراة والإنجيل. فقال: أيكم الهاتف يستأذن؟ فقال جعفر: أنا. قال: فتكلم. قال: إنك ملك لا يصلح عندك كثرة الكلام ولا الظلم.
ولعله ما يؤكد ويدل على أن أهداف الهجرة إلى الحبشة والدعوة للاسلام وتعريف الناس به حسب ما جاء في بعض النصوص أن جعفرا جاء من الحبشة بعد مدة من الهجرة إليها على رأس كبير من نصارى الحبشة، الذين أعلنوا إسلامهم أمام رسول الله (ص)، ثم عاد جعفر إليها. وجاء في بعض النصوص أيضا، أن النجاشي نفسه، ملك الحبشة، قد أسلم وأرسل إلى رسول الله كتابا يبين فيه إسلامه، واستعداده للحاق بالرسول. وبمعزل عن كل هذه الشواهد، التي تؤكد أن أحد أهداف هذه الهجرة هي الدعوة إلى الإسلام خارج مكة، فإن وجود عدد كبير من المسلمين المهاجرين خارج الجزيرة العربية، وفي الحبشة بالذات، وهم يمارسون عباداتهم وشعائرهم الدينية بحرية كاملة، هو دعاية للاسلام وله تأثيره الكبير على عرب الجزيرة وغيرهم ممن كان يأتي إلى الحبشة، للتجارة والسياحة وغير ذلك. وكان من أهداف هذه الهجرة أيضا توجيه ضربة لكبرياء لقبيلة قريش لتدرك أن قضية الدين تتجاوز حدود تصوراتها وقدراتها. وإن المسلمين قادرون على تجاوز حدود الوطن والتخلي عن كل ممتلكاتهم وكل شيء في سبيل إنقاذ إسلامهم وعقيدتهم.
إضافة إلى أنهم كرهوا أن يكون محمد صلى الله عليه وسلم وهو أحد أبناء بني هاشم نبيا، وهي قبيلة كبيرة في مكة في ذلك الوقت وقد كانوا في منافسة مع قبيلة قريش طوال الوقت، إلى جانب عدد من الأسباب الأخرى؛ ولذلك فإنهم حاربوا الدعوة الإسلامية بكل ما استطاعوا من قوة، وحاولوا هدم الدعوة. إلا أنه وعلى الرغم من كل ما فعلته قريش للقضاء على الدعوة الإسلامية؛ فإنها بدأت في الانتشار وآمن بها عدد من الناس مما دفع قريش إلى تعذيب هؤلاء الناس الذين آمنوا حتى تمنعهم من الدخول في الإسلام بكل الطرق الممكنة التي يستطيعوا أن يفعلوها، فعذبوا المسلمين وفعلوا بهم الأفاعيل، وفي هذا الوقت نزلت سورة الكهف، هذه السورة التي تحكي عن الفتية الذين آمنوا بربهم ولكنهم خشوا ما يفعله قومهم من العذاب الشديد والهوان لكل من يؤمن بالله، ولذلك فإنهم قرروا أن يتركوا هذه البلدة، ولذلك لجأوا إلى الكهف خوفاً من أهل هذه البلدة التي كانت تعذب الذين يؤمنون بالله. ولذلك فإن النبي صلى الله عليه وسلم أشار على المسلمين في ذلك الوقت أن يهاجروا إلى الحبشة، وقد هاجر في هذه الهجرة الأولى 12 رجل و4 من النساء، كان منهم سيدنا عثمان بن عفان وزوجته السيدة رقية بنت رسول الله صلى الله عليه وسلم، وقد اختار النبي صلى الله عليه وسلم الحبشة لتكون مكان هذه الهجرة وذلك لأنه كما قال صلى الله عليه وسلم "فيها ملك لا يُظلم عنده أحد"، حيث أن ملك الحبشة في ذلك الوقت والذي كان يدين بالديانة المسيحية كان من المعروف أنه حاكم عادل لا يظلم أحداً.