أما المادة 71 فتنص على أن الوثيقة الدستورية استمدت أحكامها من الاتفاق السياسي لهياكل الحكم في الفترة الانتقالية الموقع بين المجلس العسكري الانتقالي وقوى إعلان الحرية والتغيير وفي حالة تعارض أي من أحكامهما تسود أحكام هذه الوثيقة. والمادة 72 تقول بأن المجلس العسكري الانتقالي يحل بأداء القسم الدستوري من قبل أعضاء مجلس السيادة. المصدر: الجزيرة + مواقع إلكترونية
لكن الأمين، الذي كان مشاركاً في المفاوضات التي أنجزت الوثيقة مع المجلس العسكري السابق عن قوى "الحرية والتغيير"، نفى لوسائل إعلام محلية أن يكون لحزبه أية علاقة بهذا التلاعب، رافضاً الإدلاء بأي تفاصيل حول تصريحاته التي أثارت جدلاً واسعاً على الساحتين السياسية والقانوية. واعتبر أن التعديل الذي تم في الوثيقة عقب توقيع اتفاقية سلام جوبا، بإضافة المادة (80) التي تشكل بموجبها مجلس شركاء الفترة الانتقالية، كان السبب في إرباك الحركة السياسية والتضارب في المسار السياسي بالبلاد. وفي تعليقه على ما أثاره الأمين من اتهامات بالتلاعب في الوثيقة، قال المحامي نبيل أديب، عضو اللجنة القانونية لـ"الحرية والتغيير"، "إن التزوير في الوثيقة صعب. لكنه غير مستحيل"، مطالباً نائب رئيس "حزب الأمة" بتدوين بلاغ بشأن واقعة التلاعب المزعومة، مشيراً إلى أن من أكبر الأخطاء بشأن التفاوض بخصوص الوثيقة، أنه كان يتم من دون محضر مشترك. أبرز التعديلات ونشرت وزارة العدل في الجريدة الرسمية لجمهورية السودان تحت عنوان "الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية (تعديل) لسنة 2020" العدد 1908، بتاريخ 2 نوفمبر (تشرين الثاني) 2020، مشتملة على التعديلات الجديدة.
تعديل تعدل الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية لسنة ٢٠١٩، علي الوجه الاتي: (١) في المادة ٤ (١): تحذف عبارة "لا مركزية "ويستعاض عنها بكلمة "فيدرالية" (٢) في المادة ٧: يلغي البند (١) ويستعاض عنه بالبند الجديد الاتي: (١) تبدا الفترة الانتقالية من تاريخ التوقيع علي الوثيقة الدستورية وتمدد ليبدأ حساب التسعة وثلاثون شهرا من تاريخ التوقيع علي اتفاق جوبا لسلام السودان. " (٣) في المادة ٩: (أ) في البند( ١): (اولا) في صدر البند، تحذف عبارة "لا مركزية" ويستعاض عنها بكلمة "فيدرالية "، (ثانيا) في نهاية الفقرة (ب) ، تضاف العبارة الجديدة الاتية:"علي ان يكون قيام الاقاليم وهياكلها بعد قيام مؤتمر نظام الحكم،" (ب) في نهاية البند (٣): تضاف عبارة " بعد قيام مؤتمر نظام الحكم". (٤) في المادة ١١: يلغي البند (٢) ويستعاض عنه بالبند الجديد الاتي: (٢) يشكل مجلس السيادة من أربعة عشر عضوا، خمسة أعضاء مدنيين تختارهم قوي إعلان الحرية والتغيير ، وخمسة أعضاء يختارهم المكون العسكري ، وعضو مدني يتم اختياره بالتوافق بين المكون العسكري وقوي إعلان الحرية والتغيير ، وثلاثة أعضاء تختارهم أطراف العملية السلمية الموقعة علي اتفاق جوبا لسلام السودان، ويجوز للجهات التي قامت بالاختيار حق تعيين واستبدال ممثليهم.
إدماج اتفاق جوبا وأقرت التعديلات الدستورية، اعتبار اتفاق جوبا لسلام السودان الموقع في 3 أكتوبر/تشرين الأول 2020، بين حكومة السودان الانتقالية، وأطراف العملية السلمية "جزءاً لا يتجزأ منها". وقالت إنه في حال التعارض بينهما، يتم الحل "بما يتوافق مع نصوص اتفاق جوبا لسلام السودان". وكانت الحكومة الانتقالية وقعت مع عدة حركات مسلحة في السودان، اتفاق سلام، لإنهاء سنوات من الصراعات المسلحة، في 3 أكتوبر/تشرين الأول 2020. علق رئيس مجلس السيادة السوداني عبد الفتاح البرهان العمل بسبعة مواد من الوثيقة الدستورية التي أقرت في عام 2019 وذلك على خلفية "انقلاب عسكري" قاده الجيش الاثنين 10/25 ضد حكومة رئيس الوزراء عبد الله حمدوك. البنود المعلقة في الوثيقة الدستورية وأعلن البرهان في بيان رسمي "تعليق العمل بالمواد 11 و12 و15 و16 و24-3 و71 و72 من الوثيقة الدستورية مع الالتزام التام بالاتفاقيات والمواثيق الدولية التي وقعت خلال فترة الحكومة الانتقالية". وتتعلق المادتان 11 و12 بتشكيل مجلس السيادة الانتقالي واختصاصاته وسلطاته والمادتان 15 و16 بتكوين مجلس الوزراء الانتقالي واختصاصاته وسلطاته. أما المادة 24-3 فتتعلق بتكوين المجلس التشريعي الانتقالي وتقول تحديداً بأنه يتكون بنسبة 67% ممن تختارهم قوى إعلان الحرية والتغيير و33% للقوى الأخرى غير الموقعة على الإعلان.
كما حذرت من أن "منهج الإقصاء من جلسات التفاوض تحت أي مسمي سيؤدي إلى تعقيد المشهد وسيعيد إنتاج الأزمة الوطنية المتطاولة وسينتج اتفاقات صفوية لن تعبر عن كل السودان وعن قضايا كل السودانيين". وعبرت عن أملها في "الوصول إلى اتفاق حقيقي وفقاً لمنهج ديمقراطي ليفرح به النازحون واللاجئون والمرأة والشباب والوسط والأطراف وكل السودان على قدم المساواة…". وفي مقابل هذا الموقف النقدي، قال القيادي في حركة العدل والمساواة المنضوية في الجبهة، عبد العزيز نور عشر، لـ"العربي الجديد" إن الخطوة تُعد إنجازاً تاريخياً تمهد لتحول كبير في الدولة السودانية، وتُعبد الطريق لتحقيق السلام في البلاد، عبر معالجة جذور الأزمة السودانية ومخاطبة قضايا مناطق النزاع المسلح. وأضاف عشر، لـ"العربي الجديد"، أن "الجبهة الثورية"، التي تتكون من 3 حركات مسلحة رئيسية، هي "العدل والمساواة" و"تحرير السودان" و"الحركة الشعبية قطاع الشمال"، ستشارك في كل هياكل السلطة الانتقالية. العربي الجديد
وأشارت إلى أن اختصاصات مجلس السيادة الذي يتشكل من (11) شخصا تتمثل في تعيين رئيس الوزراء الذي تختاره قوى الحرية بجانب اعتماد أعضاء مجلس الوزراء الذين يعينهم رئيس الوزراء واعتماد تعيين أعضاء المجلس التشريعي وحكام الأقاليم أو ولاة الولايات فضلا عن إعلان الحرب بناءً على توصية مجلس الأمن والدفاع وإعلان حالة الطوارئ بطلب من مجلس الوزراء؛ فيما تتمثل اختصاصات مجلس الوزراء في تنفيذ مهام الفترة الانتقالية وفق برنامج إعلان الحرية والتغيير والعمل على إيقاف الحروب وبناء السلام. وحظرت الوثيقة ترشح أعضاء السيادي ومجلس الوزراء والولاة في الانتخابات التي تلي الفترة الانتقالية. وبشأن الحصانة أشارت الوثيقة إلى أنه لا يجوز اتخاذ إجراءات جنائية ضد أي من أعضاء السيادي ومجلس الوزراء أو التشريعي دون أخذ اللازم لذلك من التشريعي، وقالت إنه في حالة عدم انعقاد المجلس التشريعي يكون رفع الحصانة من اختصاص المحكمة الدستورية. وكشفت الوثيقة أن المجلس التشريعي يتكون بنسبة 67% ممن تختارهم قوى الحرية والتغيير و33% للقوى الأخرى غير الموقعة على إعلان الحرية والتغيير.