ولكن لا يظهر لون عيني الطفل كمزيج من لون عيون الوالدين كما يمزج الطلاء. اعتاد الأطباء –ليس منذ فترة طويلة- على التفكير في أن لون العينين يحدده جين واحد ويتبعه نمط وراثي بسيط مما يجعل العيون البنية مهيمنة على العيون الزرقاء. ويعني ذلك أنه إذا كان لكلا الوالدين عينين زرقاوين عندها لا يمكن أن تكون عيني طفلهم بنية ولك أن تتخيل نوع المشاكل التي حدثت في ذلك الوقت، وبالتأكيد هذه الفكرة خاطئة مع الأسف. اختلاف لون العينين في. بل على العكس، توجد احتمالات عديدة ومختلفة عندما يكون لدى كلا الوالدين زوجين من الجينات في كل كروموسوم؛ بعبارة أخرى، أن لون العين هو سمة متعددة الجينات وهذا يعني أنه يتم تحديدها من قبل جينات متعددة. جينات لون العين من بين أبرز الجينات التي تؤثر على لون العين هما (OCA2) و (HERC2) وكلا هذين الجينين في الكروموسوم 15. ينتج جين (OCA2) غشاء خليه ناقل من التيروسين (حمض أميني) وهو منتج الميلانين. وتؤدي التحولات في جين (OCA2) إلى البهاق وهي حالة مرتبطة بمشاكل في الرؤية مثل: انخفاض وضوح الرؤية أو زيادة الحساسية من الضوء. أما جين (HERC2) فهو ينظم التعبير الجيني لجين (OCA2)، ويعد لدى الأوربيين التعدد الشكلي الشائع لجين (HERC2) هو المسؤول عن النمط الظاهري للعيون الزرقاء.
العيون العسلية مشابهة للعيون البنية ويكمن الفرق فقط أن العيون العسلية أفتح لوناً، وما يميزها هو مظهرها الذي قد يختلف من النحاسي إلى الأخضر بناءً على الإضاءة. ويتركز الميلانين أكثر حول حدود القزحية في العيون العسلية. وتشير التقديرات أن 5 إلى 8 بالمئة من الأشخاص في العالم لديهم عيون عسلية (خضراء أو بنية على حد سواء). ويعد اللون الأزرق في المرتبة الثانيه من حيث الإنتشار ثم الرمادي ومن بعده الأخضر الذي يشكل 2% فقط حول العالم. وهناك ما تسمى بعيون (العنبر) وهي أكثر ندرة من العيون الخضراء ويطلق عليها أيضا (عيون الذئب) وهي صافية تماماً ولها صبغة شديدة الاصفرار أو ذهبية أو خمرية أو نحاسية، ويمكن أن تحتوي على كمية صغيرة من اللون الرمادي. ولا يتضح كيف تشكلت العيون العنبرية ولكن البعض يشير إلى أن السبب هو زيادة وجود صبغة تسمى الليبوكروم المعروفة أيضاً باسم (فيوميلانين). وأخيراً، فإن الأشخاص المصابين بالبهاق -وهو انعدام الصبغة أو قلتها الموجودة في البشرة والشعر والعينين- تكون أعينهم بنفسجية أو حمراء أحياناً؛ لأن القزحية تفتقر للأصباغ، فينفذ الضوء ببساطة إلى الجزء الخلفي من العين. اختلاف لون العينين للأطفال. وقد تظهر عيونهم حمراء؛ لأن الضوء ينعكس أولاً على الأوعية الدموية في الجزء الخلفي من شبكية العين، وهذا هو السبب عينه عند ظهور العينين حمراء في الصور.