وأثناء تصاعد المواجهة بين الإمام الحكيم وبين النظام الحاكم آنذاك في بغداد وخلو الساحة من أغلب المتصدين بسبب السجن والمطاردة لازم السيد الحكيم والده الإمام الحكيم وادار اعماله، حتى انتقل المرجع الأعلى إلى جوار ربّه الكريم في 27 ربيع الآخر سنة 1390 هـ. هجرته [ عدل] هاجر من العراق بعد وفاة آية الله السيد محمد باقر الصدر في أوائل شهر نيسان عام 1980 م، وذلك في تموز من السنة نفسها. قبل أشهر من اندلاع الحرب العراقية الإيرانية. فصائل فلسطینیة تدعو للتصدی لاقتحامات المسجد الأقصى- الأخبار الشرق الأوسط - وکالة تسنیم الدولیة للأنباء. نشاطه في خارج العراق [ عدل] منذ أول هجرته من العراق سعى لتصعيد العمل المعارض ضد النظام العراقي آن ذاك وقد قام بخطوات كبيرة في هذا المجال، اسفرت عن زعامة المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق بعدما كان قد اسس من قبل الإمام الخميني والذي انيط زعامته للسيد محمود الهاشمي. الا بعد قدوم السيد محمد باقر الحكيم وتكريما لال الحكيم عزي زعامة المجلس الأعلى للسيد محمد باقر الحكيم. انتخب رئيساً للمجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق منذ عام 1986 إلى اغتياله. كما اهتم بإنشاء المؤسسات ذات الطابع الخيري، فأسس "مؤسسة الشهيد الصدر" والمؤسسات الصحية، ثم المركز الوثائقي لحقوق الإنسان في العراق ، ومنظمات حقوق الإنسان في العراق المنتشرة في ارجاء العالم.
وبعد مخاضات صعبة، أسفر النشاط المتواصل، والجهود الكبيرة للسيّد الحكيم عن انبثاق المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق، في أواخر عام 1402 هـ، وانتُخِب سماحته ناطقاً رسمياً له، حيث أُوكلت له مهمّة إدارة الحركة السياسية للمجلس على الصعيد الميداني، والإعلامي، وتمثيله، ومنذ عام 1986 م أصبح سماحته رئيساً لهذا المجلس حتّى حين استشهاده. عودته إلى العراق: بعد سقوط نظام صدام المجرم في العراق بتاريخ 9 / 4 / 2003 م، عاد السيّد الحكيم إلى مسقط رأسه مدينة النجف الأشرف، بعد أن قضى أكثر من عقدين في بلاد الهجرة إيران، ليواصل من هناك مسيرة الجهاد السياسي التي اختطَّها لنفسه منذ أيّام شبابه، وفي طريق عودته إلى مدينة النجف الأشرف قامت الجماهير العراقية المؤمنة من أهالي مدن البصرة، والعمارة، والديوانية، والنجف الأشرف، وكربلاء المقدّسة، وباقي المدن الأُخرى باستقباله استقبالاً مهيباً. ومنذ أن استقرَّ السيّد الحكيم في مدينة النجف الأشرف -أرض العلم والتضحية والفداء- شرع بإقامة صلاة الجمعة العبادية السياسية، في صحن الإمام علي (عليه السلام)، موضِّحاً من خلالها مواقفه السياسية، وتصوُّراته المستقبلية لمستقبل العراق.
شهادته: تعرَّض السيّد الحكيم (قدس سره) خلال عمره الشريف إلى أكثر من سبع محاولات اغتيال من قبل أزلام النظام الصدامي البائد، كان منها اثنان عندما كان في العراق قبل هجرته إلى إيران، والباقيات كانت خارج العراق أيّام قيادته للجهاد السياسي ضد نظام البعث العميل في العراق. وفي غرّة رجب 1424 هـ، وبعد إقامته لمراسم صلاة الجمعة الرابعة عشر في الصحن الحيدري للإمام علي (عليه السلام)، وفي طريق عودته إلى داره، تعرَّض (قدس سره) إلى عمل جبان، حيث انفجرت سيّارة مفخَّخة تحمل (700) كيلو غرام من المتفجّرات بالقرب من الصحن العلوي الشريف، فاستشهد، ولم يبقَ من جسمه إلاّ قطعة أو قطعتان، حيث تقطَّع جسده الشريف، واستشهد كذلك عدد من مرافقيه، وعشرات من المصلِّين وزوَّار المرقد الشريف، ودفن بمقبرة خاصّة له -وللشهداء الذين سقطوا معه- في النجف الأشرف.
تدريسه: بعد أن نال السيّد الحكيم مرتبة عالية في العلم بفروعه وفنونه المختلفة، مارس التدريس لطلاّب السطوح العالية في الفقه والأُصول، وكانت له حلقة للدرس في مسجد الهندي بمدينة النجف الأشرف، وعُرف بقوّة الدليل، وعمق الاستدلال، ودقَّة البحث والنظر، فتخرَّج على يديه علماء انتشروا في مختلف أنحاء العالم الإسلامي. السيد محمد باقر الحكيم. ومع ذيوع صيته العلمي، ومن أجل تحقيق نقلة نوعية في العمل الاجتماعي والثقافي لعلماء الدين في انفتاح الحوزة على الجامعة من ناحية، وتربية النخبة من المثقّفين بالثقافة الدينية الأصيلة والحديثة، فقد وافق السيّد محمّد باقر الصدر على انتخابه عام 1385 هـ، ليكون أستاذاً في كلّية أُصول الدين في علوم القرآن، والشريعة، والفقه المقارن. وقد استمرَّ في ذلك النشاط حتّى عام 1395هـ حيث كان عمره الشريف حين شرع بالتدريس خمسة وعشرون عاماً، وعلى صعيد التدريس في إيران، فقد مارس تدريس البحث الخارج على مستوى الاجتهاد بشكل محدود، بسبب انشغاله بقيادة الجهاد السياسي، كما قام بتدريس التفسير لعدَّة سنوات من خلال منهج التفسير الموضوعي. تلامذته: نذكر منهم ما يلي: 1- أخوه، الشهيد السيّد عبد الصاحب الحكيم. 2- أخوه، السيّد عبد العزيز الحكيم.
أثناء وجوده في العراق، أوكل لأخيه عبد العزيز الحكيم مهمة النشاط السياسيّ المباشر وتمثيل المجلس الأعلى في مجلس الحكم العراقيّ المؤقت. وقد قال في صحيفة العدالة التابعة للمجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق. "منهج القوة لا يعتمد إلا بعد استنفاد كافة الأساليب السلميّة والكلمة الطيّبة والحوار والمنطق وهو ما لم يستنفد بعد.. وعلينا بذل الجهود المشروعة ذات الطابع السلميّ لإنهاء الاحتلال". اغتياله [ عدل] في يوم الجمعة الأول من رجب 1424 هـ اغتيل بانفجار سيارة مفخخة وضعت قرب سيارته بعد خروجه من الصحن الحيدري بعد أداء صلاة الجمعة. وأدى الحادث إلى مقتل وجرح المئات من المصلين. ردود فعل عقب اغتياله [ عدل] في العراق أدان أحمد الجلبي عضو مجلس الحكم العراقي عملية اغتيال السيد الحكيم، وقال في تصريحات لقناة الجزيرة الفضائية: "هذا حادث إرهابي ندينه بأشد درجات الإدانة. السيد محمد باقر الحكيم شهيد الثورة والحكمة - Mehr News Agency. الحكيم كان زعيماً مناضلاً وقضى زهرة شبابه في قتال صدام حسين من جانبه استنكر الشيخ عبد الواحد الأعظمي، إمام جامع عثمان بن عفان في بغداد العملية وقال "علماء السنة تلقوا نبأ التفجير والاغتيال بالاستياء والاستهجان والغضب، وهم يحملون قوات الاحتلال مسئولية الانفلات الأمني الذي يهدد العراق بالفوضى والدمار" أيضا أدان المجلس الإسلامي الشيعي الأعلى وهو أعلى هيئة دينية للشيعة في لبنان - بشدة عملية الاغتيال ووصف التفجير الذي استهدف السيد الحكيم في النجف بأنه "مجزرة إرهابية انتهكت حرمة وقدسية" ضريح علي.