درس العلوم العربية والمنطق والأصول عند المرجع المعاصر السيد محمد سعيد الحكيم وعند أخيه السيد يوسف والسيد محمد حسين الحكيم وكذلك جزءاً من المكاسب عند الشهيد محمد باقر الصدر واستفاد من الدروس الخارج الفقه والأصول من كبار المجتهدين أمثال الامام الخوئي والسيد الصدر حتى نال الى درجة الاجتهاد وكان الشهيد ، يطلع على الأفكار الجديدة والى جانب ذلك تميز بفكر عميق وشامل ، فهو يطرح القضايا ويناقشها وقد عرف في الأوساط العلمية والسياسية بقوة الحجة والدليل. فقد غادر الى بغداد عام 1964 ، ليكون استاذاً في كلية أصول الدين ، يدرس علوم القرآن والشريعة والفقه المقارن وقد استمر في ذلك النشاط حتى عام 1975م/1395 وتوقف عن التدريس في الكلية بعد مصادرتها من قبل نظام حكم البعث. الخنادق - شهيد المحراب السيد محمد باقر الحكيم. وبعد أن هاجر الى ايران بعد انتصار الثورة الإسلامية في أوائل تموز عام 1980م ، اشتغل الى تدريس البحث الخارج على مستوى الاجتهاد والتفسير لعدة سنوات بالمنهج التفسير الموضوعي والتفسير التجزيئي الاجتماعي (1). استشهد في يوم الجمعة غزة شهر رجب المرجب 1424 في مدينة النجف الأشرف 29 اوكست 2003م ودفن فيها وقبره معروف الآن. آثاره وتأليفاته وقد صدرت من الشهيد حتى الآن الكتب والدراسات والأبحاث نشير الى بعض منها: 1.
5- تأسيس مدرسة دار الحكمة. 6- تأسيس مركز للنشر. 7- تأسيس مركز للبحوث والدراسات. 8- تأسيس مكتبة علمية تخصّصية. حركته السياسية: قد دخل منذ البداية في دائرة الاهتمام بإيجاد التنظيم السياسي الإسلامي، الذي يكفل إيجاد القدرة على التحرّك السياسي المدروس في أوساط الشعب العراقي، وبهدف ردم الهوَّة بين الحوزة العلمية والشرائح الاجتماعية المثقّفة، حيث كان هناك شعور بالحاجة لتنظيم إسلامي يتبنى النظرية الإسلامية الأصيلة، المأخوذة عن أهل البيت (عليهم السلام)، ومرتبط بالحوزة العلمية وهمومها ومشاريعها من ناحية. الشهيد السيد محمد باقر الحكيم – الشیعة. ولمواجهة التنظيمات غير الإسلامية التي أسّست على أسس الحضارة الغربية أو الشرقية من ناحية أُخرى، وضرورة مدِّ الجسور إلى الأوساط المثقّفة بالثقافة الحديثة من خرِّيجي الجامعات، والموظّفين، والطلبة، والمعلِّمين، وغيرهم، وكذلك التحوّلات السياسية المهمّة في المنطقة عموماً، وفي العراق خصوصاً بعد سقوط الملكية وقيام النظام الجمهوري. وهي الأسباب التي تشكّل خلفية اتخاذ قرار تأسيس التنظيم الإسلامي سنة (1958 م)، الذي شارك فيه السيّد الحكيم مع آخرين من العلماء الكبار كالشهيد السيّد محمّد باقر الصدر، استمرَّ مشاركاً في مرحلة التأسيس، وكان يقوم فيها بدور فكري وثقافي بشكل عام، وتنظيمي بشكل محدود لمدّة سنتين، إلاّ أنّ ظروفاً موضوعية أملت عليه وعلى الشهيدين الإمام الصدر، والسيّد محمّد مهدي الحكيم، أن يتركوا العمل داخل الإطار الحزبي، حيث كان ذلك عام (1380 هـ)، وأن يتخصَّص للعمل الجماهيري بقيادة المرجعية الدينية.
منهاج الصالحين. كتاب «منهاج الصالحين» هو في الأصل الرسالة العملية لمحسن الحكيم ، وقد طُبعت أول مرة في النجف عام 1365 هـ ، ونالت هذه الرسالة استحسان العديد من علماء الشيعة؛ وأول من اعتمدها بعد الحكيم هو أبو القاسم الخوئي - أستاذ الحكيم - فزاد فيها بعض الفروع وأعاد ترتيب بعض المسائل وأدرج عليها تعليقة، ثم دمجها في الأصل فخرجت مطابقة لفتاواه، [8] وقد حذا حذو الخوئي من بعده عدد كبير من تلامذته الكبار الذين تصدوا للمرجعية ؛ وكان من بينهم الحكيم فاعتمد هذه الرسالة مغيرًُا فيها مواضع الخلاف بما يتطابق مع رأيه. [9] حاشية موسعة على رسائل الشيخ الأنصاري. طبعت بستة أجزاء تحت عنوان « التنقيح ». حاشية موسعة على كفاية الأصول. كتبها أثناء تدريسه الخارج على الكفاية في خمسة أجزاء. حاشية موسعة على المكاسب. في ذكرى استشهاد شهيد المحراب آية الله السيد محمد باقر الحكيم ... ماذا تعرف عنه؟. كتبها أثناء تدريسه خارج المكاسب، تقع في مجلدين، إلى مباحث العقد الفضولي. تقريرات درس السيد الحكيم في كتب: النكاح، والمزارعة، والوصية، والضمان، والمضاربة، والشركة. تقريرات بحث أستاذه حسين الحلي في علم الأصول. تقريرات بحث أستاذه حسين الحلي أيضًا، في الفقه. تقريرات بعض ما حضره عند الخوئي. مناسك الحج والعمرة.
قال: ولابد أن نفهم أن القرآن الكريم هو وحي إلهي وله ذاك الهدف المشخص وهو هدف التغيير الاجتماعي الجذري (5). ومن خصائص هذا التفسير العناية بالسياق القرآني في تفسير الآية ويؤكد أن مجيء كثير من المقاطع القرآنية بشكل معين وبطريقة معينة ، قد يكون غير مفهوم ولا يتناسب مع أهداف القرآن المرتبطة به ، وذلك إذا أخذت هذه المقاطع بصورة مستقلة ولم تلاحظ فيها مسألة السياق والارتباط مع المقاطع الأخرى وذكر نموذجاً في قصة موسى مع العبد الصالح وتبدأ بقوله تعالى: { وَإِذْ قَالَ مُوسَى لِفَتَاهُ لَا أَبْرَحُ حَتَّى أَبْلُغَ مَجْمَعَ الْبَحْرَيْنِ} [الكهف: 60]. ، وقال: وهذه القصة إذا انتزعت بصورة مستقلة ولم تلاحظ فيها مسألة السياق ، فسوف تكون عملية فهمها وتعرف الهدف منها عملية محدودة وغير واضحة ، وأما عند ما نربط بين هذا المقطع من القصة وبين الآيات والمقاطع الأخرى ، نتمكن من ابراز كثير من المفاهيم والمعاني الجديدة ، وسوف نتمكن من الإجابة عن هدف ذكر القرآن الكريم لهذه القصة (6). والخلاصة ، كان التفسير وان كان غير شامل لجميع السور والآيات ، إلا أنه كان من التفاسير التحليلية التربوية الاجتماعية لأهل الثقافة ويشتمل على أبحاث مستقلة للموضوعات ، متميز من حيث المنهج الاجتماعي والهدائي وبيان لمهمات واردة ومشاكل عصرية (7).
وقد اختار اللّه تعالى لهذا الكلام المعجز الذي أوحاه إلى نبيه أسماء مخالفة لما سمى العرب به كلامهم جملة وتفصيلًا. وسماه القرآن "وَمَا كَانَ هَٰذَا الْقُرْآنُ أَن يُفْتَرَىٰ مِن دُونِ اللَّهِ وَلَٰكِن تَصْدِيقَ الَّذِي بَيْنَ يَدَيْهِ وَتَفْصِيلَ الْكِتَابِ لَا رَيْبَ فِيهِ مِن رَّبِّ الْعَالَمِينَ" (يونس 37). والاهتمام بوضع أسماء محددة و مصطلحات جديدة للقرآن الكريم، يتمشى مع خط عريض سار عليه الإسلام، وهو تحديد طريقة جديدة للتعبير عما جاء به من مفاهيم وأشياء. وتفضيل إيجاد مصطلحات تتفق مع روحه العامة على استعمال الكلمات الشائعة في الأعراف الجاهلية وذلك لسببين: أحدهما: أن الكلمات الشائعة في الأعراف الجاهلية من الصعب أن تؤدي المعنى الإسلامي بأمانة، لأنها كانت وليدة التفكير الجاهلي وحاجاته، فلا تصلح للتعبير عما جاء به الإسلام، من مفاهيم وأشياء لا تمت إلى ذلك التفكير بصلة. والآخر: أن تكوين مصطلحات وأسماء محددة يتميز بها الإسلام، ويساعد على إيجاد طابع خاص به، وعلامات فارقة بين الثقافة الإسلامية وغيرها من الثقافات. وفي تسمية الكلام الإلهي الكتاب إشارة إلى الترابط بين مضامينه ووحدتها في الهدف والاتجاه، بالنحو الذي يجعل منها كتاباً واحداً.