وعلى الرغم من المميزات اللي ممكن تظهر لنظام التعليم الجديد للثانوية العامة إلا إن ما زالت في عيوب ليه. عيوب النظام التراكمي عدم وضوح المعايير اللي هيوضع على أساسها الامتحانات في كل مرة هيكون متاح للطالب يمتحن سواء الامتحان الأساسي أو لتحسين. الأخطاء والأعطال الفنية وارد جدًا تحصل في أثناء الامتحان، وبالتالي ممكن تضيع على طالب فرصته وحقه. العبء اللي هتتحمله الأسرة المصرية بدل ما يتجمع في سنة واحدة هيكون مضاعف وهتتحمل العبء لـ ٣ سنوات متتالية بدون راحة فهيكون ٣ أضعاف بالإضافة لضغط النفسي والعصبي اللي هيمتد خلال الـ3 سنوات. لو تم فرض رسوم كبيرة على التحسين هتتكلف الأسر فوق طاقتها ومش هتكون فرص التحسين متاحة إلا لأصحاب الدخل المرتفع وبالتالي هيفقد الطلاب الفرص المتساوية. على الرغم من إن النظام الجديد هدفه محاربة الدروس الخصوصية والقضاء عليها إلا أن بعض من الناس شايف إن اللي هيحصل العكس والدروس الخصوصية هتنتشر بشكل أوسع، وعشان نحل مشكلة الدروس الخصوصية ونرجع الطالب يتعلم في المدرسة محتاجين حلول تانية تعالج المشكلة اللي بدأت وانتشرت بشكل كامل في المجتمع المصري من سنين. الضغط اللي هيتحمله طالب شعبة العلمي بدراسته لمنهج علمي علوم وعلمي رياضة الحاجة اللي اعترض عليها الطلبة وأولياء أمورهم؛ لإنهم شايفين إن إلغاء التشعيب هو مجرد زيادة في الضغط بدون فايدة حقيقة هتعود على الطالب في مسيرته التعليمية والمهنية.
الهدف من نظام التعليم الجديد في مصر " وفقا لوزير التربية والتعليم الدكتور طارق شوقي" أوضح الدكتور طارق شوقي وزير التربية والتعليم أن الهدف الرئيسي من نظام التعليم الجديد، المطبق في مصر منذ عامين، هو "التعلم"، مؤكدا ان الاهتمام "بدرجات الامتحانات" أفسد العملية التعليمية. واستعرض الوزير الهدف من النظام الجديد باختصار، حيث انه يعمل على تعليم الطفل الطرق الصحيحة لتعلم اللغة، وذلك بشكل متوازن، لكي يكون الطفل قادر على تذوق العديد من المهارات، كالموسيقي والفنون واللغات.
المرحلة الثانية في هذه المرحلة من مراحل التعليم أدرك الملك عبد العزيز – رحمه الله – أن الجودة في التعليم هي من أهم الأشياء التي يجب تحققها في التعليم السعودي ، ذلك فما كان منه بعد أن دخل مكة إلا أن عقد أجتماع لكل وزراء الدولة وأعلمهم أنه يجب وضع خطة محكمة نظامية لتعليم ، وفي عام 1344 هـ أصدر الملك عبد العزيز – رحمه الله – قرارا بإنشاء مديرية المعارف، وكان ذلك هو الخطوة الأول في نشر التعليم المتكامل في جميع أرجاء المملكة العربية السعودية. وبعد مرور فترة من الوقت على توحيد المملكة العربية السعودية ، صدر نظام المدارس الذي يساعد على نشر المدارس في جميع أنحاء البلاد ، ويكفل إقامة نظام دقيق ، يساعد على وضع الشروط الأساسية للتقديم في المدرسة مثل ( السن) وما إلي ذلك ، كما وضع نظام للمدارس ذاتها من وضع امتحانات دورية للطلاب ، ووضع مناهج مخصصة لكل سنة دراسية. ولكن يعاب على تلك المرحلة بعد ذلك أنها أصبحت نسخة مصغرة من أغلب مراحل التعليم في البلاد العربية كما أن المعلمون كانوا من خارج البلاد ، إضافة إلى أن المناهج كانت تحتوي على الكثير من الحشو في الكتب والفصل بين المناهج والواقع الذي يعيشه الطلاب ، وإغفال دور العلوم ، كما كان هناك إهمال ملاحظ في العلوم الشرعية والدينية ، ولكن من أفضل الإيجابيات التي فرضت في هذه الفترة هي مجانية التعليم.
وقد أعلن شوقي أن العام الدراسي يجب أن تطول مدته في مصر وذلك لمصلحة الطالب حتى يتمكن من استيعاب المواد الدراسية لأن ما يحدث في هذه المرحلة هو مستقبل التعليم في مصر واستثمارنا الحقيقي. وتابع: "تم تقييم ما حدث العام الماضي في مرحلة رياض الأطفال والصف الأول الابتدائي بمساعدة مؤسسات دولية مستقلة وبناء على هذه التقارير قررنا بناء المناهج بشكل أسرع لتمتلك مصر المصفوفة المتكاملة بداية من مرحلة رياض الأطفال حتى الثانوية العامة". وقال شوقي إنه تقرر الاستثمار في إعداد المناهج بشكل متسارع وذلك في 3 سنوات بدلًا من 10 سنوات لكل الأعوام الدراسية لضمان امتلاك مصر لمناهج جديدة تتسق مع رؤية مصر للتنمية المستدامة 2030، كما أكد أن هناك تعاون مع عدد من الوزارات لإدخال مفاهيم جديدة في المناهج ومنها مفاهيم بيئية وسياحية والهوية والتاريخ. وأضاف وزير التعليم، أننا نجحنا في بناء البنية التحتية الرقمية في أكثر من 2500 مدرسة ثانوية مصرية، وأكثر من 11 ألف فصل، وتطبيق الامتحانات الإلكترونية والتصحيح الإلكتروني للصف الأول الثانوي، بمتوسط 480 ألف امتحان يوميًا في أنحاء الجمهورية، ذلك بالإضافة إلى بناء بنوك أسئلة متعددة الصعوبة بمعايير دولية لكل المواد في الصف الأول والثاني الثانوي، وبناء معايير التصحيح الإلكتروني للأسئلة، وبناء محتوى إلكتروني بمقاييس عالمية للصف الأول والثاني الثانوي وإتاحتها على منصة التعلم ببنك المعرفة المصري.