وفي عام 1898م استطاع -باتفاق مسبق- التغلب على الإسبان والانتصار عليهم, وعقدوا معاهدة بينهما تنصُّ على ترك الفلبين لأمريكا، وبذلك أصبح الحكم أمريكيا، ثم بدأ الأمريكان يكملون نفس دور الإسبان بقتال المسلمين وإخضاعهم لحكمهم, ولكنهم لم يستطيعوا التغلب على مسلمي مينداناو وأرخبيل صولو.
وفقنا الله لخدمة ديننا، والتمسك به، وهو نعم الناصر والمُعين.
2– سلطنة إسلامية في منداناو. 3- سلطنة إسلامية في راناو: يقودها أحفاد محمد علي كابونسوان. 4- مملكة إسلامية في سيبو: يقودها الملك هومابون. 5– الإمارة الإسلامية في ماكتان: يقودها الأمير لافو لافو. 6- الإمارة الإسلامية في بوهول: يقودها الأمير سيكاتونا. 7- الإمارة الإسلامية في كافيل: يقودها الأمير كالانسياو. 8- الإمارة الإسلامية في إيلوا يلو: يقودها الأمير داتوفو تئ. 9- الإمارة الإسلامية في فاناي. 10- الإمارة الإسلامية في مانيلا: يقودها الأمير سليمان. 11- الإمارة الإسلامية في توندو: يقودها الأمير لاكاندولاء. 12- الإمارة الإسلامية في فانجغاسينان: تقودها الأميرة أوردوها. المسلمون في الفلبين، اضطهاد وصراع طويل مع الحكومة - ساسة بوست. ومدة هذه السلطنات والإمارات الإسلامية 137 سنةً؛ من سنة 804 هـ إلى 941هـ، حينما وصل إليها نُفوذ الاستعمار الإسباني الغاشم سنة 941 هـ، وتولى حُكم البلاد، وفرض على المُواطنين دياناتهم الكاثوليكية، فأبى المسلمون في الجنوب الخُضوع للدين الكاثوليكي، واستمر القتال بين الطائفتين 377 عامًا، وتحمل المسلمون مشقة الجهاد في سبيل الله، وسقط مُعظمُهم شُهداء لله. أما المُسلمون في جُزر البيساياس وجزيرة لوزون الذين استسلموا تحت الاستعمار الإسباني، فهُم عُملاء للاستعمار، وتعاونوا مع جيش الإسبان على قتال بقية المُسلمين في الجنوب، حتى وصل إليه نُفوذ الأمريكان سنة 1319 هـ وطردوا الإسبانيين بتعصبهم الديني واستعباد المواطنين ومحاولة إخضاعهم لديانة النصرانية.
وقد خضعت الفلبين لسيطرة أسبانية وأمريكية ويابانية منذ عام 1521 ميلادية حتى استقلت وانضمت إلى الأمم المتحدة في 24 أكتوبر عام 1945 ميلادية كأحد دول قارة آسيا. والعاصمة هي مدينة "مانيلا" والعملة المتداولة هناك اسمها "بيزو".. ونظام الحكم هناك جمهوري. وتقع الفلبين في المحيط الهادي شمال أستراليا، ويسعى المسلمون هناك لتحقيق مكاسب تؤكد هويتهم وأصالتهم وانتماءاتهم الإسلامية. وبنجسا مورو.. هو الاسم الذي أطلقه المسلمون على المناطق التي يعيشون فيها جنوب الفلبين، وتضم أكثر من سبعة ملايين نسمة من المسلمين، بينما تبلغ مساحتها 37% من جملة أراضي الفلبين. وقد شهدت بنجسا مورو حضارة إسلامية زاهرة، وتأسست هناك ممالك إسلامية عملت على دعم مسيرة المدّ الإسلامي في (26) منطقة في جنوب الفلبين والجزر الواقعة في أرخبيل سُولُو. وقد وصل دعاة الإسلام من التجار العرب إلى بنجسا - مورو - منذ القرن السادس الهجري.. واستقرت في جزيرة " سولو" أول جالية مسلمة تولّت نشر الإسلام والتعريف بهدايات وأحكام الدين الحنيف في أكثر من سبعة آلاف جزيرة. الإسلام في الفلبين| قصة الإسلام. وقد لاقت دعوة الإسلام قبولاً حسناً، فاعتنق سكان الجزر الإسلام طواعية. ويُعرف المسلمون باسم "المورو"، وينتشرون في الجزر الجنوبية.
وبغض النظر عن المناطق التي ضربها الإعصار، التي تقول وسائل الإعلام: إنها المناطق الشرقية والوسطى من البلاد، التي لا توجد بها كثافة عددية من المسلمين، حيث من المعروف أن المسلمين الذين يشكلون ما بين 22% إلى 25% من عدد سكان البلاد يتركزون في الجنوب، إلا أن المسلمين أفرادًا وحكومات ومنظمات قد أعربت عن تضامنها مع هذا الحدث؛ وذلك من مبدأ الإنسانية الذي يعتبر من أبرز خصائص الإسلام ومزاياه. لقد رفع القرآن الكريم من مكانة الإنسان بغض النظر عن الجنس أو اللون أو العرق أو الدين، فوردت كلمة الإنسان في القرآن الكريم (63) مرة، فضلاً عن ذكره بألفاظ أخرى مثل (يا بني آدم) التي ذكرت ست مرات، وكلمة الناس التي تكررت (240) مرة، ولعل من أوضح الآيات في هذا المجال قوله تعالى: { وَلَقَدْ كَرَّمْنَا بَنِي آدَمَ وَحَمَلْنَاهُمْ فِي الْبَرِّ وَالْبَحْرِ وَرَزَقْنَاهُمْ مِنَ الطَّيِّبَاتِ وَفَضَّلْنَاهُمْ عَلَى كَثِيرٍ مِمَّنْ خَلَقْنَا تَفْضِيلًا} [الإسراء: 70]. وفي السيرة النبوية الشريفة كثير من المشاهد التي تؤكد علو شأن مبدأ الإنسانية في الإسلام كأحد أبرز خصائصه ومزاياه، فقد عفا الرسول -صلى الله عليه وسلم- عن أشد الناس عداوة له ولدينه ودعوته، وعن أكثر من آذوه وعذبوه وأصحابه من مشركي قريش في فتح مكة المكرمة ، وقال لهم قولته المشهورة التي تعبر عن سماحة الإسلام وإنسانيته: " اذهبوا فأنتم الطلقاء ".
في عام 2012م، تم توقيع الاتفاق الإطاري بين الجانبين بالفعل في العاصمة الماليزية كوالالمبور، لتنتهي عقود من الصراعات شهدت مئات الآلاف من القتلى. في يوم الخميس 27 مارس 2014م، وقع الرئيس الفلبيني بينينيو أكينو ورئيس جبهة تحرير مورو الإسلامية مراد إبراهيم اتفاق سلام نهائي يقضي بتشكيل منطقة مسلمة ذاتية الحكم بحلول عام 2016م. تقضي الاتفاقية الجديدة بمنح شعب مورو حكمًا ذاتيًّا بصلاحيات واسعة في 5 محافظات يشكلون فيها الأغلبية كمسلمين. تقضي الاتفاقية بصياغة دستور خاص بولاية "بانجسامورو" وهي اسم المنطقة ذاتية الحكم، يتم عرضه في استفتاء على سكان المنطقة. تشمل الاتفاقية وجود نظام انتخابي مستقل ووزارات مستقلة عن الحكومة المركزية في الفلبين، كما تتمتع حكومة بانجسامورو بصلاحية إبرام اتفاقيات اقتصادية داخلية وخارجية. كما ستملك حكومة المنطقة الذاتية أيضًا سلطات حصرية في مجال العدل والقضاء الشرعي. وسيكون لحكومة بانجسامورو الحق في فرض الضرائب والرسوم، وتلقي المنح والتبرعات من مصادر محلية وخارجية. وسيكون لها حصة عادلة في الموارد الطبيعية المستخرجة ضمن منطقة الحكم الذاتي. وستشمل السلطات المشتركة مع الحكومة المركزية كل من مجالات الدفاع والأمن والسياسة الخارجية والتجارة العالمية والسياسة المالية والهجرة والخدمات البريدية.