ومع بدء معركة السادس من أكتوبر، انطلقت كتيبة الصاعقة بقيادة أسدهم الجسور في ثلاث طائرات هيلكوبتر، وتم إسقاطهم خلف خطوط العدو، وظل الرفاعي ورجاله يقاتلون في أكثر من اتجاه "رأس شيطان، العريش، شرم الشيخ، رأس نصراني، سانت كاترين، ممرات متلا" بواقع ضربتين أو ثلاث في اليوم الواحد، حتي ذهلت المخابرات الإسرائيلية من قوة الضربات وسرعتها ودقتها.
وفي هذه الأثناء دق هاتف الرفاعي، فرفع السماعة وقال من: وجاءه الرد:" السادات معاك يا رفاعي تعالي دلوقتى حالا - وكانت الأوامر أوضح من ضوء الشمس في وضح النهار، ولكنها كانت أصعب ما قام به الرفاعي علي مدار تاريخه كله - الموقف خطير يا رفاعي، مطلوب أن تعبر برجالك شرق القناة وتخترق مواقعهم حتى تصل إلي منطقة "الدفر سوار" وتدمر المعبر الذي أقامة العدو لعبور قواته وإلا تغير مسار الحرب كلها. لكن الرفاعي لم يكن يعرف إلا اتجاها ً واحدا، وهدفا واحدا، وهو إيقاف التوغل الإسرائيلي، ولأجل ذلك كان يحرص في كل عملية على أن يترك أثرا موجعا وداميا في العدو يثبت من خلاله جوهر المقاتل المصري وجسارته، لهذا كانت العمليات التي قام بها في أعقاب سنة 1967، تمثل بداية الرد المصري على العدوان وتعيد الثقة في نفوس الرجال في وقت ينزف بالجراح. وعن قصة استشهاده يقول الأديب الراحل والمؤرخ العسكري جمال الغيطاني: امتثل المقاتل "على" لأمر قائده "إبراهيم الرفاعي"، وبدأت انفجارات القذائف حولهم، الشظايا تصطدم بحواف الصخور الحارة، تغوص في الرمال رائحىة البارود، الفراغ مزروع بالخطر تمركز العميد الرفاعي فوق التبة الرملية رقم (62) ، ثم رصد دبابات إسرائيلية منتشرة في المنطقة، كانت الساعة تقترب من الثانية عشرة ظهرا يوم الجمعة 19 أكتوبر.
السهم فيه من لعبه قطار الموت ((الافعوانيه)) شبيه له!!
لقد محا الرفاعي من حياته مصطلحات الخوف والهدوء والصبر على الهزيمة بقرارات وقف إطلاق النار في حياته، حتى غدا أحد أهم رجال الاستنزاف ومن بعدها أكتوبر وواحد من أصحاب القدرات الخاصة، إنه البطل وقائد ما يعرف بالمجموعة 39، مجموعة المستحيل، مجموعة المهام الصعبة.. المجموعة التى حملت على عاتقها كسر حالة الصمت بعد النكسة ورفع الروح المعنوية للجنود عبر عمليات نوعية من قلب الجيش الإسرائيلى، أبرزها نسف قطار للجنود الإسرائيليين عند منطقة الشيخ زويد، ونسف مخازن الذخيرة التى خلفتها القوات المصرية بعد الانسحاب، وهما عمليتان يحملان خطورة كبيرة فى التنفيذ والتسلل. ومن أهم عملياته فيما بعد إنه فى بداية عام 1968 أعلنت تل أبيب عن امتلاكها مجموعة صواريخ جديدة أرض - أرض، تستطيع من خلالها إجهاض أى عملية مصرية، وهو الأمر الذى شغل عقل الجيش المصرى وقتها من أجل معرفة طبيعة تلك الصواريخ، فما كان من القيادة إلا تكليف "الرفاعى" ومجموعته بالبحث وراء تفاصيلها وكان نص التكليف: "يا إبراهيم.. إسرائيل نشرت صواريخ فى الضفة الشرقية.. عايزين منها صاروخ يا رفاعى بأى ثمن". أبيات شعر رثاء شهيد - موضوع. أيام قليلة مرت على تكليفه بالمهمة حتى خطط ودبر "الرفاعى" طريقة التسلل والتنفيذ، فعبر ورجاله قناة السويس، ونجح العودة بـ 3 صواريخ وليس واحد أو اثنتين، وبعد العملية بأيام ذاع صيته بين ضباط الجيش وبات الانضمام للمجموعة أمل الجميع، وفى المقابل أقالت تل أبيب القائد العسكرى المسؤول عن قواعد الصواريخ.